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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出范围广的微生物化学活化，包含抗肺部肿瘤和抵抗疾病毒功能。平常，三萜是实现甲羟戊酸前提条件炼制的，并从天然草木草木和念珠菌中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发过了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计文献资料。该设计表明三萜类无机化合物野生虫草酸（GA）是能够液滴锻炼的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物生成导致的。在转录组和球核苷酸组学技木更进一步一个脚印宇宙探索无柄野生虫草菌丝体中DHT导致两种方式野生虫草酸（GA）的体系，并依据多个学技木查重到的距离表观遗传和距离球蛋清，推算DHT 动物分解 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和的功能总类

能够对无柄野生灵芝细菌菌丝体开始转录组测序共得出67230个转录本和14294个单染色体。在这单染色体中，49二个被亲子鉴定为文化差异形容染色体（DEGs），另外213个形容调整，279个形容再降（图1A）。GO聚集概述后，DEGs划分怪物历程（BP）、组织神经元有效成分（CC）和原子核功能键（MF）3类。在BP类目中，展现了前五个子类目：抗菌药降解新陈新陈分泌率历程，冰醋酸盐新陈新陈分泌率历程和甲酸盐新陈新陈分泌率历程;而在CC类目中，组织神经元外区、突触挽回体、突触结构特征是前五个亚类。针对MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶、硫化完美重现酶几丁质酶和酸氨（或酰胺）连结酶几丁质酶是前五个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG环路概述中，前30条聚集度很高的环路含有27条一种新陈新陈分泌率，另外甲烷气体新陈新陈分泌率、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈新陈分泌率、丙酸盐新陈新陈分泌率警报环路相关性聚集（图1D）。

图1|转录类物质析和功效类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄野生灵芝细菌菌丝体去高淀粉酶质组学解析，加起来认定了16,457种特色肽、2606种高淀粉酶质和2588种一定量高淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立标准下，没有你2606种高淀粉酶质中，94种被认定为不一致性表述高淀粉酶（DEPs），当中52种调涨，42种下降（图2A），图2C显现了不一致性表述高淀粉酶的聚类定性了解法解析热图。从GO解析看看，BP类属显现，绝大占多数数DEPs体验乙酸盐葡萄糖硫化进程、抗菌药葡萄糖硫化葡萄糖硫化进程和中成药葡萄糖硫化葡萄糖硫化进程。CC类DEPs在体受损组织细胞系外区、过硫化物酶体和微体中占比例图较高，硫化复原酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的比例图较高（图2B）。与转录组报告单类似的，KEGG通道解析显现，大部分DEPs在葡萄糖硫化中动物聚集，当中3条最动物聚集的途经是光合动物中的碳固定不变、碳葡萄糖硫化和MAPK数据分折通道（图2D）。除外，确认解析GO数据分折库的CC对DEPs去亚体受损组织细胞系地位解析和批注（图2E），DEPs具体生长在体受损组织细胞系质（40.66%）、体受损组织细胞系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论知识上是GAs动物制成的具体地段。

图2|球营养物质组的按量了解和功能键确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物流量转化和比组侯选人DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个差别的表明表观遗传（图3A）。对转录组和高血清质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs来聚类算法剖析，遇到mRNA和高血清质两者有19个上涨表观遗传和9个下跌表观遗传，DEGs与之英译的DEPs表明层次呈正关联，应用场景Pearson的关联因子剖析，在转录组和高血清质组两者监测到对应较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测結果信息显示，E组和C组1一DEGs的表述关卡一定的差异偏态，当中9个为上浮DEGs，4个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表述走势与转录混合物析結果不符。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测剖析和功能表认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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